Organisasi Siswa Intra Sekolah (OSIS ) adalah organisasi yang mewadahi siswa sebagai sarana penyaluran kegiatan dan pengembangan bakat bakat siswa. OSIS juga merupakan media pembinaan dan pengembangan siswa yang arah dan kegiatannya mendukung visi dan misi sekolah. Pengurus OSIS adalah peserta didik yang dipilih berdasarkan prestasi, dan keaktifan serta rekam jejak yang baik di lingkungan sekolah. Menjadi pengurus OSIS harus mempunyai wawasan yang luas dan pandai berinteraksi serta membangun komunikasi.
Kegiatan OSIS di SMA Pesantren Unggul Al Bayan berada di bawah Wakil Kepala Sekolah bidang kesiswaan yang diampu oleh bapak Ade Rahmat Kurnia.S.Pd. Meskipun saat ini pembelajaran berlangsung dengan sistem daring dan online. Siswa berada di rumah masing masing namun tidak menjadi kendala bagi bidang kesiswaan untuk melaksanakan program programnya. Salah satu kegiatan yang sudah terlaksana adalah pemilihan ketua dan pengurus OSIS masa bakti 2021-2022.
Proses penjaringan calon ketua dan pengurus OSIS melalui beberapa tahapan , yaitu : membentuk MPK yang merupakan perwakilan dari masing masing kelas sebanyak 2 orang. Selanjutnya MPK membentuk kepengurusannya dan membentuk panitia PEMILU. Panitia pemilu raya ini menjaring para bakal calon untuk diproses menjadi calon ketua dan wakil . Ada 2 tahap penjaringan. Tahap 1 ada 5 paslon, memasuki tahap ke dua ada 3 paslon. Masing masing tahap ada proses kampanye dari masing masing pasangan calon. . Kegiatan pemilihan ketua dan wakil ketua OSIS ini terlaksana pada hari rabu tanggal 3 Februari 2021. Setelah melalui proses pemilu raya Al Bayan terpilih Rayhan Musthova Alhiro dan Muhammad Harun Al Bana sebagai ketua dan wakil ketua OSIS SMA Pesantren Unggul Al Bayan. Mereka berdua yang akan menakhodai perjalanan setahun ke depan kegiatan OSIS. Selanjutnya mereka berkoordinasi dengan ketua angkatan dan ketua kelas untuk membentuk kepengurusan. Kemudian tanggal 23 Februari diadakan acara pelantikan kepengurusan OSIS dan MPK. OSIS SMA Pesantren Unggul Al Bayan sendiri terdiri dari beberapa kementerian yaitu :Minat dan bakat, linguistik, olah raga, pendidikan dan kebudayaan, sumber daya manusia, rohani, hubungan masyarakat, kepemimpinan dan wira usaha. Serta beberapa staff khusus dan devisi devisi yaitu : Devisi desain, sarana prasarana, dokumentasi.