Keberadaan laboratorium Al Bayan sangat penting untuk menunjang proses pembelajaran. Terlebih pada saat ini pendekatan sistem pembelajaran adalah belajar berpusat pada siswa. Kegiatan pembelajaran bertujuan untuk memberdayakan seluruh potensi yang dimiliki oleh peserta didik. Laboratorium IPA SMA Al Bayan hadir sebagai jawaban untuk memberdayakan potensi siswa. Laboratorium sangat dibutuhkan sebagai sarana meningkatkan pengetahuan dan keterampilan siswa khususnya dalam pelajaran IPA. Laboratorium berfunsi sebagai tempat latihan siswa dalam memahami konsep yang sudah diajarkan oleh guru di dalam kelas sekaligus membuktikan teori-teori ilmiah yang diperolehnya dalam pembelajaran. Kegiatan siswa di laboratorium tidak dapat dipisahkan dengan kegiatan belajar mengajar.
Laboratorium Al Bayan ada tiga yaitu laboratorium Kimia, Fisika dan Biologi. Masing-masing terbagi ke dalam dua ruangan yaitu ruang kerja praktikan dan ruang persiapan. Ruang kerja praktikan yaitu sebagai tempat praktikan melakukan aktivitas praktikum di laboratorium kimia.dan ruang persiapan sebagai tempat praktikan atau laboran dalam melakukan preparasi alat dan bahan untuk kegiatan praktikum, ruangan ini juga digunakan sebagi tempat menyimpan alat dan bahan kimia serta dokumen laboratorium. Disamping itu laboratorium juga sebagai tempat mengasah keterampilan dan inovasi siswa melalui ekstrakulikuler Chemistry club dan karya ilmiah remaja (KIR) , Biology Club dan Physics Club sehingga semakin mengoptimalkan peran dan fungsi laboratorium.
Laboratorium IPA memiliki kelengkapan alat dan bahan yang lengkap dan terus berimprovisasi dengan membuat dan mengadakan alat dan bahan laboratorium yang dibutuhkan praktikan untuk praktikum mata pelajaran maupun praktikum penelitian mandiri. Kelengkapannya mencakup kelompok alat ukur dasar seperti gelas ukur, makrometer sekrup, thermometer, neraca ohauss, analitik dan digital, psycrometer, hygrometer, pipet volumetrik dan buret. Kelompok wadah seperti gelas kimia, erlenmeyer, tabung reaksi, pipa Y dan corong pemisah. Kelompok KIT seperti KIT Gelombang dan cahaya, KIT Thermodinamika, KIT Listrik dan Magnet, KIT Ekstraksi dan Destilasi dan KIT Mekanika. Kelompok Instrumen Laboratorium berupa Autoclaf, Magnetic Strerer with heater, Teropong bintang dan wimshurst machine. Setiap laboratorium memiliki jas laboratorium dengan ciri khas warna yang berbeda yaitu hijau untuk biologi, putih untuk kimia dan biru untuk fisika.
Sistem pembelajaran dilaboratorium IPA lebih mengadaptasi sistem pembelajaran inovatif abad 21 yang dirancang menarik dan menyenangkan, model pembelajaran yang sering digunakan adalah Project based learning (PJBL), Problem based learning (PBL) dan Contextual Learning (CL) yang disesuaikan dengan kebutuhan tujuan pembelajaran.
Dalam kegiatan praktikum siswa tidak hanya melakukan praktikum tetapi juga menyusun suatu laporan praktikum. Laporan praktikum tidak hanya dalam bentuk laporan tertulis tapi juga bisa dalam bentuk produk maupun presentasi mengenai praktikum yang dilakukan siswa. Keunggulan dari laboratorium IPA albayan adalah kami selalu berusaha untuk berinovasi dalam memberikan pelayanan berupa praktikum kepada siswa. Praktikum dilaksanakan dengan konsep fun science yang dipadukan dengan beberapa model pembelajaran yang disesuaikan dengan kebutuhan pembelajaran. Praktikum lebih sering dilaksanakan dengan cara open ended dimana siswa merancang dan menemukan sendiri praktikum yang akan dilakukannya dengan bimbingan dan pengawasan dari guru atau Instruktur laboratorium lainnya.